Het verhaal van Boki Raja is helaas verre van compleet, vermoedelijk vanwege bewuste obstructie door de Portugezen, wat het juist interessant maakt. Er zijn slechts fragmenten van informatie in verschillende bronnen beschikbaar, en deze passen vaak niet goed samen. Ik heb geprobeerd alle puzzelstukjes zo goed mogelijk in elkaar te zetten en creëer daarmee wellicht een nieuwe versie van het verhaal.
Boki Raja was een dochter van de Sultan van Tidore, geboren rond 1500. Haar echte naam is verloren gegaan in de tijd. Haar verhaal begon eigenlijk pas in de boeken vorm te krijgen toen in 1512-13 de Portugese adviseur Francisco Serrão, met een Ternataanse vloot, Tidore aanviel. Tidore verloor dit keer. En als deel van het vredesbestand tussen Tidore en Ternate, werd de Sultan van Tidore gedwongen een van zijn dochters als vrouw te geven aan de Sultan van Ternate. Zo trouwde Boki Raja op jonge leeftijd met de Sultan van Ternate, werd zijn derde vrouw en kreeg drie zonen. Dit bracht enige rust tussen Ternate en Tidore, maar de spanningen verdwenen nooit volledig.
De vrede in het Sultanaat van Ternate werd verstoord toen in 1522 de Sultan van Ternate overleed. Een van die speculaties suggereerde dat Boki Raja betrokken was bij de vergiftiging van haar echtgenoot. Echter, in een officiële brief aan de koning van Portugal werd beweerd dat de Sultan was vergiftigd door een dochter van de Sultan van Bachan, op aansporing van de heersers van Tidore, Bachan en Jailolo.
Na de dood van de Sultan van Ternate ontstond een machtsvacuüm. De jonge kroonprins (een zoon van Boki Raja) was nog niet klaar voor het leiderschap, dus nam Boki Raja tijdelijk het bestuur over, bijgestaan door Kaichil Darwis, de broer van de overleden Sultan. Dit was de overigens de eerste keer dat een vrouw het Sultanaat van Ternate leidde.
De komst van de Spaanse vloot onder leiding van Magalhães in Tidore maakte de situatie nog gecompliceerder. De Sultan van Tidore wilde graag dat Spanje een handelspost en fort bouwde om te rivaliseren met Ternate. Als reactie stuurde Portugal gouverneur-generaal Antonio de Brito om een fort te bouwen op Ternate en zich te mengen in de handel. Boki Raja werd gevraagd om te helpen bij de bouw, maar zij koos ervoor om terughoudend te zijn, wat leidde tot interne conflicten.
Kaichil Darwis, die de aandacht van Antonio de Brito wilde trekken, overtuigde hem om Tidore aan te vallen. Toen de aanval mislukte, gaf hij Boki Raja de schuld. De Brito arresteerde haar zonen en sloot hen op in het onvoltooide fort. Onder leiding van Boki Raja werd er een jihad uitgeroepen om haar zoons te redden. Zij vielen de voedselvoorziening van de Portugezen aan en sneden het fort en de gemeenschappen eromheen af van voedsel. Daarbij eiste zij de vrijlating van haar zonen. Deze boycot was zeer succesvol en leidde tot honger en uiteindelijk hongersnood. Er brak een strijd uit waarbij een Portugese leider werd gedood en haar zonen werden gered. De Portugezen sloegen terug door enkele dorpen te overvallen en nam twee belangrijke stamhoofden gevangen, die de Brito beschuldigde van het doden van zijn huisvarken. De handen van de twee stamhoofden werden afgehakt, en ze werden weggestuurd om te vluchten, maar enkele woeste honden werden op hen afgestuurd en vielen hen aan. De mannen, die geen middelen hadden om zichzelf te verdedigen en naar de zee waren gegaan, verdronken ellendig.
Onder het voorwendsel van hoogverraad werd Boki Raja in 1535 gevangengenomen en naar Goa gestuurd. De laatste melding van haar dateert uit 1547, toen ze zich bekeerde en werd gedoopt als Dona Isabel. Daarna verdwijnt ze uit de geschiedenis, en verdween bewust en zonder naam in de Portugese documenten.